Das Klima von Tunja wird durch seine Lage und Höhe beeinflusst. Auf fast 3000 m ist es eine der höheren Städte in Kolumbien. Infolgedessen herrscht in der Stadt ein subtropisches Hochlandklima (Köppen Cfb) mit geringen Temperaturschwankungen während des ganzen Jahres, aber einer ausgeprägten Trockenzeit von Dezember bis Februar.
Klimatabelle: