Das Klima in Beineu wird durch die Lage in der Kaspischen Senke geprägt. Das Klima ist extrem und arid, d. h. es fällt nur sehr wenig Niederschlag. Die Sommer sind sehr heiß und weisen mit die höchsten Durchschnittstemperaturen im Sommer auf. Die Winter sind zwar kalt, aber nicht ganz so kalt wie andere Städte in den weiten Wüsten und Steppen Kasachstans.
Klimatabelle: