Das Klima in Estancia ist ein semi-arides Hochlandklima und wird geprägt von der Südlage an den Rocky Mountains und dem Hochland. Die Winter sind untertags kühl, während die Nächte sehr kalt sind und Temperatur von bis zu -20°C aufweisen. Die Sommer sind gewittrig und untertags heiß mit kühlen Nächten.
Klimatabelle:

U.S. Climate Data (Temperaturen, Niederschlagsmenge, Schneefall), NOAA (Niederschlagstage, Schneetage).
Einzelnachweise:
- Weather averages Estancia, New Mexico. URL. – abgerufen am 2021-06-06. U.S. Climate Data.
- NOAA.