Escondido hat ein typisch mediterranes Klima mit warmen Sommern und kühlen, feuchten Wintern. Aufgrund der im Landesinneren gelegenen Umgebung ist es im Sommer deutlich wärmer als Küstenstädte wie San Diego, Carlsbad oder Oceanside und im Winter kühler. Der jährliche Niederschlag beträgt im Durchschnitt ca. 15 Zoll (380 mm) und kann von Jahr zu Jahr erheblich variieren. Die Niederschlagsmengen sind in den Hügeln im Norden und Osten höher. In den meisten Gebieten über 2.000 Fuß Höhe fallen 20 bis 24 Zoll und am Palomar-Gebirge (15 Meilen östlich) mehr als 30 Zoll. Mehr als 80% aller Niederschläge finden von November bis März statt. Schnee ist praktisch unbekannt, obwohl gelegentlich Winter- und Frühlingsgewitter kleinen Hagel fallen lassen. Das Klima ist mild genug, um einen weit verbreiteten Anbau von Avocados und Orangen zu ermöglichen.
Klimatabelle:
