Alamogordo weist ein heißes Wüstenklima (BWh) auf mit heißen Sommern und milden Wintern. Der Regenfall ist niedrig und nimmt in den Sommermonaten deutlich zu, aufgrund der nordamerikanischen Monsunsaison (Juli bis September). Die Temperaturen im Sommer sind sehr hoch, allein 95 Tage weisen einen Höchstwert von über +32°C auf. Die Rekordtemperaturen liegen zwischen -26°C und +43°C. Die Wintermonate sind meist sehr mild und sonnig, aber die Nächte sind kalt. An 74 Tagen liegen die Nachttemperaturen unter dem Gefrierpunkt, während an sieben Winternächten ein Tiefstwert von -18°C festgestellt wird.
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