Das Klima in Saint Johns ist ein kühles semi-arides Klima und gehört zum Klimatyp BSk. Die Winter sind kalt und trocken, während die Sommer heiß und eine deutlich höhere Niederschlagsrate aufweisen, als die restlichen Jahreszeiten. Der Grund für die höhere Menge sind die Gewitterstürme im Sommer.
Klimatabelle:
Apache County:
Durchschnittliche Lufttemperaturen ausgewählter Städte im Apache County:
Nördliches County:
Zentrales County:
Südliches County: